Os órgãos da administração da FUNDAEPE encontram-se estabelecidos no seu estatuto, sendo sua estrutura composta de 03 (três) órgãos: Conselho Deliberativo,conselho Fiscal e diretoria Executiva.

Conselho Deliberativo

Órgão superior da administração da entidade, composta de 08 membros efetivos e suplentes.

Conselho Fiscal

Órgão de controle interno, de caráter fiscalizador composto de 03 membros efetivos não pertencentes ao Conselho Deliberativo e à Diretoria Executiva, indicados pelo Conselho Deliberativo, em reunião convocada para este fim.

Diretoria Executiva

Órgão de execução que coordena e supervisiona todas atividades administravas e financeiras da FUNDAEPE. A partir do mês de Agosto do exercício de 2009, estão à frente da FUNDAEPE os Dirigentes:

Dulce Silva Pimenta  - Diretora Executiva

Fabiano Roberto de Oliveira - Diretor de Finanças